El I.E.S. Aguilar y Eslava se organiza según las siguientes Áreas de competencia y Departamentos de coordinación didáctica:
SOCIO-LINGÜÍSTICA
Departamento de Filosofía
Departamento de Cultura Clásica
Departamento de Inglés
Departamento de Francés
Departamento de Economía y Formación y Orientación Laboral
CIENTÍFICO-TÉCNICA
Departamento de Biología y Geología
Departamento de Física y Química
Departamento de Tecnología
ARTÍSTICA
Departamento de Música
Departamento de Educación Física
FORMACIÓN PROFESIONAL
Departamento Ciclo GMFP -Atención a personas en situación de dependencia-
OTROS DEPARTAMENTOS
Departamento de formación, evaluación e innovación educativa (F.E.I.E.)
